Está situado en el claustro de la Catedral Vieja, ocupando varias de las capillas que a él se abren, conocidas como Salas Capitulares.
Contiene pinturas y esculturas de los siglos XV, XVI y XVII. En pinturas destacan el Tríptico de San Andrés, de Juan de Flandes, y la Virgen de la Rosa y el Retrato de Santa Catalina, de Fernando Gallego. En escultura, el sepulcro de Anaya, del siglo XV, atribuido a Francisco de Salamanca.
Salas
- Sala 1ª: Se exponen piezas de estilo gótico hispano-flamenco obra de los hermanos Francisco Gallego y Fernando Gallego durante la segunda mitad del siglo XV.
- Sala 2ª: Las principales obras también pertenecen a los hermanos Gallego.
- Sala 3ª: En esta sala esta la obra de Pedro Bello, discípulo de Francisco Gallego, acompañada de un grupo de esculturas de estilo gótico y renacentista. Pero la principal atracción de esta sala es el Tríptico de San Miguel obra de Juan de Flandes a principios del siglo XVI.
- Capilla de San Martín: Fue fundada por el obispo Pedro Pérez y alberga las primeras pinturas murales firmadas del arte español obra de Antón Sánchez de Segovia, en 1262.
Planta Alta
- Capilla de Santa Catalina. Fue fundada en el siglo XII por el obispo don Vidal. A lo largo de la historia fue usada como aula universitaria, como biblioteca del cabildo, comedor e incluso teatro. Entre las pizas que alberga destaca la veleta del gallo original.
- Capilla de Anaya o de San Bartolomé. Diego de Anaya la fundó en 1442 como capilla funeraria para su familia, donde está enterrado el mismo.
