Tuvieron como misión impartir las enseñanzas previas a los estudios propiamente universitarios que se cursaban en las Escuelas Mayores. La pequeña portadita plateresca de acceso muestra claramente grandes semejanzas con la fachada de la Universidad, y presenta una puerta con doble arco de medio punto soportado sobre una columna de capitel clásico. Destacan el escudo del emperador Carlos V, en el centro, y dos águilas bicéfalas a los lados. En la parte superior de la fachada se observa el emblema de la Universidad, con la tiara y las llaves, y a ambos lados una representación de San Pedro y San Pablo. El pequeño zaguán a cielo abierto presenta una pequeña bóveda gótica junto a la portada, y al fondo, un escudo de la Universidad en la versión del profesor y los alumnos, con la divisa del Estudio Salmantino:
Omnium Scientiarum Princeps Salmantica Docet.
En el patio rectangular tiene arcos de contracurvas, siguiendo la misma configuración del claustro alto de las escuelas mayores. Su estructura es algo más robusta, todavía gótica en los pilares y en los capiteles; la crestería ha sido modificada por lógicas variaciones en el tiempo, conservando aún algunos elementos platerescos. En el claustro se abren las aulas en las que los estudiantes cursaban el trivium y el quadrivium, superados los cuales ya podían acceder a las escuelas mayores. Siguiendo la visita hacia la derecha del claustro, destacan las dos dependencias que seguidamente se describen.
Sala de exposiciones: fue Aula Magna y presenta dos techumbres muy interesantes; una de tipo mudéjar artesonada, y otra también artesonada pero ya renacentista, con una decoración claramente italiana.
Museo de la Universidad: destaca una parte de la bóveda de la antigua biblioteca, denominada tradicionalmente «Cielo de Salamanca«, pintada por Fernando Gallego a principios del siglo XVI y arrancada y pasada a lienzo el año 1952. Se pueden admirar diversas piezas de orfebrería religiosa de gran valor, tales como custodias; cálices, copones, atriles, relicarios del siglo XVII, etc. También se exponen una colección de casullas y dalmáticas, ternos de ceremonial que se utilizan todavía en los actos religiosos; algunos bancos representativos de los antiguos colegios de la propia Universidad; una curiosa figura de un hombre de tamaño reducido utilizada para enseñanzas prácticas de Medicina; un arca, una antigua bandera y unas tablas procedentes de un antiguo retablo del hospital de estudiantes que representan la Anunciación y la Adoración de los Reyes; una serie de tablas del siglo XVI, muebles de los siglos XVII y XVIII. asi como una mesa rococó procedente del Colegio Mayor San Bartolomé, etcétera.
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