La iglesia fue fundada en el año 1145 por caballeros de la Orden del Santo Hospital de Jerusalén. La iglesia es románica del siglo XII, con retoques de estilos posteriores que ha sido recientemente restaurada. De esta época conserva su ábside central en el exterior, y en el interior parte de la decoración vegetal en el crucero de la iglesia. Ya del siglo XVIII se conserva un relieve del entierro de cristo obra de Pedro Hernández.
Al iniciarse la década de los años 20 se abrieron las Escuelas Parroquiales de San José, bajo la dirección de un sacerdote macoterano, Antonio Blázquez Martín, seguidor de las teorías educativas del P. Manjón, que quiso aplicar en estas escuelas. Fue su sede la iglesia de San Cristóbal. Dependiente de estas escuelas Blazquez abrió tambien un cine, el Cine San José, en la cercana Ermita de la Misericordia.
La iglesia estuvo un tiempo sin utilizarse debido al lamentable estado en que se encontraba, pero entre 1985 y 1994 un gran esfuerzo de restauración permitio la reapertura de la iglesia. La restauración recibió el Premio Europa Nostra a la protección del patrimonio arquitectónico en el 2000. Está situada en la plaza de San Cristóbal.
