La parroquia de San Juan de Mata se creó en el año 1968 regida por los padres Trinitarios. La antigua iglesia estaba situda en los bajos del edificio del Colegio Mayor de la Santísima Trinidad. El nuevo templo, obra de dos arquitectos navarros, Alberto Ustarroz y Manuel Iñiguez, fue inaugurado el 7 de mayo de 2000 junto al Colegio, en la Avenida Filiberto Villalobos.
Alberga los restos de San Juan de Mata, el fundador de la Orden Trinitaria.
La primera piedra del Colegio Mayor de la Santísima Trinidad fue colocada el 17 de marzo de 1961. La inauguración tuvo lugar los días 19 y 20 de agosto de 1963. Los Trinitarios llevaban ausentes de Salamanca desde la exclaustración de 1835. Anteriormente los trinitarios calzados ocuparon el Convento de la Trinidad y los trinitarios descalzos un convento en la Plaza de Colón (actualmente juzgados) del que formaba parte la actual Iglesia de San Pablo.
