La Capilla de la Universidad, situada en el Edificio de Escuelas Mayores, se construyó en el siglo XVIII (desde noviembre de 1761 a marzo de 1767) por Simón Gavilán Tomé, con ayuda de Juan de Sagarvinaga y Jerónimo García de Quiñones. Es la tercera capilla que ha tenido la Universidad de Salamanca.
Fue edificada sobre la anterior, que fue la segunda de la Universidad, quedando aún restos de la primera en el interior del edificio de Escuelas Mayores. La capilla tiene bóvedas de cañón, y un retablo de mármoles rosa y blancos con un cuadro de Cacciániga que muestra el juramento de los profesores de la universidad de defender el Dogma de la Inmaculada Concepción en 1618.
El oratorio actual es de una sola nave, con cabecera ochavada al exterior y cubierta toda ella con bóveda de cañón con lunetos. Los muros están cubiertos por terciopelo rojo procedente de Granada.
Entre los objetos que en su interior; hay una hornacina con el sepulcro de Fray Luis de León, un órgano barroco de 1709 obra de Pedro de Liborna Echevarría, y un cuadro del Beato Juan de Ribera, antiguo alumno de la Universidad, obra de Gregorio Ferro en 1796.
Aparece presidida en su puerta por un cuadro de san Jerónimo, atribuido al pintor Simón Pitti. En el retablo, en mármoles de colores, se combinan el estilo barroco, evidente en los relieves de bronce de la parte inferior, y el neoclasicismo de sus columnas. En su cuerpo inferior destacan tres lienzos del pintor Francisco Cacciániga: en el del centro se representa el juramento de profesores de la Universidad defendiendo el dogma de la Inmaculada Concepción; en el de la izquierda, San Juan de Sahagún en el Milagro del Pozo Amarillo: y a la derecha, Santo Tomás de Villanueva socorriendo a los pobres. El cuerpo superior presenta en su centro un relieve de bronce dorado que representa a San Jerónimo escribiendo, y a ambos lados del mismo, un lienzo con San Agustín y otro con Santo Tomás de Aquino. Corona el retablo un calvario, obra de Antonio González Ruiz.
Pieza notable de la capilla es el púlpito, hecho de igual mármol que las puertas de la sacristía. Es de destacar en el muro derecho de la capilla un sepulcro en mármol blanco y negro, realizado por el escultor Nicasio Sevilla, en el que se guardan los restos de Fray Luis de León (dicho escultor también llevó a cabo el monumento a Fray Luis erigido en el Patio de Escuelas). Antes de salir de la capilla, puede contemplarse a la derecha de la puerta un retrato de San Juan de Ribera, que fue estudiante de nuestra Universidad, realizado por Gregorio Ferro.
