En recuerdo a Francisco de Vitoria, gran impulsor del Derecho Internacional, fue antigua cátedra de Medicina y Astronomía, como lo indica la inscripción en fondo amarillo -distintivo de dicha Facultad- situada sobre la puerta. En la actualidad se dedica a reuniones científicas y conferencias. Los contenidos de estas enseñanzas eran heredados del galenismo tradicional llegado a través de las fuentes árabes. Se estudian sobre todo los tratados de Galeno, como también los de Hipócrates, de Avicena y Averroes.
Pasada el aula Francisco de Victoria, y en el centro de la crujía oriental del claustro. se accede a un amplio zaguán que comunica el claustro con la Plaza de Anaya. Fue antigua capilla universitaria. Conviene detenerse en la observación de su techumbre mudéjar. El pequeño tamaño de esta dependencia determinó la necesidad de trasladar la capilla a un local más amplio.