Llamado vulgarmente «Las Úrsulas«, el convento estaba habitado por las monjas de clausura de la Orden Tercera de San Francisco. Fue fundado en 1490 por el arzobispo Alonso de Fonseca y Acevedo (padre), y Doña Sancha de Maldonado, el obispo buscaba un lugar de enterramiento y que las monjas rezaran eternamente por su alma, para ello, al fundar el convento no escatimó dotarlo de amplias riquezas.
Como suele ocurrir, en la fachada del convento está el escudo del fundador, en este caso el escudo de los Fonseca, el cual también está en la puerta de la iglesia. Ésta fue modificada a mediados del siglo XVIII por Jerónimo García de Quiñones destacando en su interior el sepulcro del fundador Alonso de Fonseca, obra del escultor Diego de Siloé. También posee un Museo con tablas de Juan de Borgoña (siglo XVI) que narran escenas de la vida de Santa Úrsula.
La iglesia, de traza gótica, fue construida por el arzobispo Fonseca y Ulloa (hijo) en 1512. Tiene una nave con tres bóvedas, con dos pilares renacentistas realizadas por los mismos artistas que hicieron la fachada de la Universidad. Su interior es de nave única, cubierta por tres bóvedas de crucería estrellada y una capilla mayor poligonal, reforzada por contrafuertes que poseen escudos como única ornamentación. Dentro de la iglesia se encuentra el sepulcro del fundador Alonso II de Fonseca el cual fue desmontado y posteriormente escondido durante la Guerra de Independencia, hasta que en 1928 se volvió a colocar en su lugar original. Retablo barroco. Interesante torreón.
Enclavado en un bellísimo rincón, donde se encuentra también la Iglesia de la Vera Cruz.
Un decreto lo declaró monumento el 3 de junio de 1931.