La Iglesia de San Pedro fue declarada Bien de Interés Cultural el 7 de julio de 1993. Es una Iglesia de estilo románico-mudéjar, primera mitad del siglo XIII, de nave única con un presbiterio muy marcado, ábside semicircular y torre cuadrada. En el siglo XVI se añadieron dos naves laterales.
La iglesia de San Pedro de Villoria es un ejemplo del románico mudéjar de la provincia de Salamanca, aunque actualmente tan sólo perduren el ábside y la torre originales del siglo XIII, siendo el resto reformado en los siglos XV y XVI. Inicialmente constaba de una única nave que finalizaba en una cabecera semicircular y una torre cuadrada en los pies. En el XV o XVI se añadió el arco triunfal de la capilla mayor y posiblemente las naves laterales con la puerta norte, cubriéndose en esta época la nave principal con un artesonado de madera magnífico entre 1559 y 1570.
En el exterior, se aprecian ocho arcadas ciegas, formadas cada una por dos arcos, el interior de medio punto y el exterior apuntado, separados por un friso de ladrillos en esquinilla. Los arcos aparecen sobre un zócalo que es de mampostería en su mayor parte. En cada arco se abren pequeños vanos que para unos autores son saeteras, acordes a su función defensiva. El presbiterio tiene el mismo diseño decorativo.
La torre
La torre es magnífica, varias veces reconstruida y ampliada, pero sin perder personalidad. Aún vemos en ella la herida provocada por un rayo en 1845. Su alzado bizarro y sólido es un completo muestrario de técnicas mudéjares empleadas a lo largo de muchos siglos.
La torre, aunque muy reformada por añadidos posteriores, tiene planta cuadrada. En la parte occidental presenta cinco arcos colocados con cierto desorden, de medio punto mezclados con otros agudos, motivo más notorio en el lado norte, en el interior de la nave del evangelio. El interior de la torre tiene un primer nivel decorado con arcos de medio punto, inacabados en las esquinas, iluminado por tres aspilleras cegadas actualmente, de ladrillo.
El interior
El interior de la Iglesia fue rehecho casi completamente en el siglo XVI. Las tres naves están separadas por dos grandes arcos escarzanos y se cubren con una armadura mudéjar terminada en 1570. De gran factura, esta techumbre destaca por sus lazos de a ocho, bien trazados y por la belleza de la madera en su color natural. La carpintería mudéjar parece inspirada en la orfebrería o en los bordados islámicos. Sin embargo, estas maravillas geométricas esconden un conocimiento matemático muy avanzado. De padre a hijo, de maestro a aprendiz. estos saberes se transmitirán durante siglos.
La cabecera se cubre con una bóveda de horno apuntada. Está levantada sobre un zócalo de sillería y se decora con ocho arcadas ciegas y apuntadas que cobijan otras más pequeñas, frisos de esquinilla y un recrecimiento posterior. El ábside tenía dos retablos laterales y un frontal que fue sustituido por uno de piedra en 1796 y está presidido por un valioso Cristo del siglo XIV y dos tallas de San Antón y Santa Bárbara, del siglo XVII. Las tres naves están separadas por dos grandes arcos escarzanos y se cubren con una armadura mudéjar sin policromía.
El ábside, de ladrillo, está formado por dos muros paralelos que divergen entre si, especialmente en la parte sur; entre ambos existe un espacio transitable al que se accede desde el interior de la capilla mayor mediante una puerta que comunica con una escalera de piedra. Se desconoce con exactitud la función de este doble muro y estructura, pero se cree que es posible que tuviese una función defensiva al estar integrado el muro exterior en la muralla del pueblo de Villoria.
